Entre as denúncias apontadas pelo grupo da oposição estão:
- A edição de normas que desmontam o sistema de proteção ambiental sob a responsabilidade do ministro e reduzem o nível de proteção em diversos biomas;
- A prática de silenciamento e perseguição a servidores do Ministério do Meio Ambiente;
- Desmonte do Ibama (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais) e do ICMBio (Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade);
- Redução da transparência e participação social no Conama (Conselho Nacional do Meio Ambiente);
- Intervenção do ministro em ações de fiscalização ambiental após encontro com infratores;
- Falta de transparência sobre os encontros do ministro com multinacionais na Europa, em 2019;
- Recusa do ministro em responder na íntegra os questionamentos feitos pelo parlamento por meio dos requerimentos de informação; e
- Desmonte de operações de fiscalização em terras indígenas.
Na 4ª feira (20.mai.2021), Salles foi alvo de busca e apreensão por parte da Polícia Federal na operação Akuanduba. A investigação apura crimes de corrupção, advocacia administrativa, facilitação de contrabando e prevaricação.